a6m33bin - Bioinformatika

Shrnutí slidů: bin-summary.pdf

Cvičení

Úkoly stačí odevzdat včas, jinak není těžké dostat maximum bodů.

Zkouška

Max 50 bodů, min 25. U slovních odpovědí stačilo na relativně dost bodů i to, když se člověk aspoň chytil, věděl co je to za téma a nebyl úplně mimo. Není potřeba vysvětlovat do podrobností (ale samozřejmě určitě neuškodí napsat každý detail, co si k tomu vybavíte.)

Zkouška 8.6.2015

  1. Zarovnat dvě krátké sekvence, globálně a lokálně. Vysvětlit rozdíl.
  2. De-Bruijnovy grafy. Analyzovat pomocí nich sekvenci v níž byla repetice. Popsat předpoklady. Ukázat příklad, kde by neplatily a jak by postup selhal. Znát související pojmy z teorie grafů a časovou složitost.
  3. Vytvořit nehomogenní markovský řetězec pro danou sekvenci, který bere v potaz existenci kodonů délky 3. Vysvětlit rozdím mezi regularizovaným a neregularizovaným řetězcem.
  4. Sítě regulace genové exprese: Vysvětlit co představují uzly a jaké jsou typy hran. Popsat, k čemu je regulace genové exprese organismu dobrá.
  5. Metoda threading predikce struktury proteinů. Vysvětlit základní ideu, popsat (stačí slovně) stavový prostor a účelovou funkci.

Skúška 9.6.2023

  1. aplikovať greedy method a overlap graphs pre dané ready
  2. UPGMA - spočítať vzdialenosti medzi sekvenciami podľa zadania, overiť ultrametrickosť (neboli), upraviť dáta, aby boli ultrametrické a zostaviť strom
  3. Markovov reťazec, úloha ako zo cvika: Profile HMM construction, a otázky k tomu: spočítať probability sekvencie, …
  4. otázky k proteínom: ich štruktúra, experimental determination of protein structure, protein threading
  5. možno ešte nejaká otázka…
  6. ústna časť (dobrovoľná): motívy
courses/a6m33bin.txt · Poslední úprava: 2023/06/13 17:33 autor: sis
Nahoru
chimeric.de = chi`s home Valid CSS Driven by DokuWiki do yourself a favour and use a real browser - get firefox!! Recent changes RSS feed Valid XHTML 1.0