a6m33bin - Bioinformatika

• Stránky předmětu: https://cw.fel.cvut.cz/wiki/courses/a6m33bin/start
• Přednášející: Jiří Kléma, Filip Železný
• Cvičící: Karel Jalovec, Michal Anděl

Shrnutí slidů: bin-summary.pdf

Úkoly stačí odevzdat včas, jinak není těžké dostat maximum bodů.

Max 50 bodů, min 25. U slovních odpovědí stačilo na relativně dost bodů i to, když se člověk aspoň chytil, věděl co je to za téma a nebyl úplně mimo. Není potřeba vysvětlovat do podrobností (ale samozřejmě určitě neuškodí napsat každý detail, co si k tomu vybavíte.)

1. Zarovnat dvě krátké sekvence, globálně a lokálně. Vysvětlit rozdíl.
2. De-Bruijnovy grafy. Analyzovat pomocí nich sekvenci v níž byla repetice. Popsat předpoklady. Ukázat příklad, kde by neplatily a jak by postup selhal. Znát související pojmy z teorie grafů a časovou složitost.
3. Vytvořit nehomogenní markovský řetězec pro danou sekvenci, který bere v potaz existenci kodonů délky 3. Vysvětlit rozdím mezi regularizovaným a neregularizovaným řetězcem.
4. Sítě regulace genové exprese: Vysvětlit co představují uzly a jaké jsou typy hran. Popsat, k čemu je regulace genové exprese organismu dobrá.
5. Metoda threading predikce struktury proteinů. Vysvětlit základní ideu, popsat (stačí slovně) stavový prostor a účelovou funkci.

1. aplikovať greedy method a overlap graphs pre dané ready
2. UPGMA - spočítať vzdialenosti medzi sekvenciami podľa zadania, overiť ultrametrickosť (neboli), upraviť dáta, aby boli ultrametrické a zostaviť strom
3. Markovov reťazec, úloha ako zo cvika: Profile HMM construction, a otázky k tomu: spočítať probability sekvencie, …
4. otázky k proteínom: ich štruktúra, experimental determination of protein structure, protein threading
5. možno ešte nejaká otázka…
6. ústna časť (dobrovoľná): motívy